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Dernière mise à jour : Mai 2021

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Fractionnement des AgroRessources et Environnement INRAE / URCA

Fractionnement des Agroressources et Environnement

Unité Mixte de Recherche Inra/URCA

WE ARE HIRING - Master 2 internship

WE ARE HIRING - Master 2 internship
Heterologous production and transcriptomic monitoring of lignocellulolytic enzymes (CAZymes) of interest from Neofusicoccum parvum

Title : Heterologous production and transcriptomic monitoring of lignocellulolytic enzymes (CAZymes) of interest from Neofusicoccum parvum.

Localisation : USC Résistance Induite et BioProtection (RIBP ; Université de Reims Champagne-Ardenne-INRAE ; Chaire Maldive) & UMR Fractionnement des Agro-Ressources et Environnement (FARE, INRAE, Université de Reims Champagne-Ardenne-INRA, Chaire AFERE).

Duration : 6 months (March 2023 – August 2023)

Supervisors (contact persons) :

Dr. Olivier Fernandez, RIBP (olivier.fernandez@univ-reims.fr)

Dr. Ludovic Besaury, FARE (ludovic.besaury@univ-reims.fr)

Application deadline : January 2023

Compensation: 600 euros/months

Documents to be attached (to be sent to Ludovic Besaury and Olivier Fernandez):

            -1 CV and 1 cover letter

            - 1 letter of recommendation

            - M1 grades or equivalent

Keywords : Botryosphaeriaceae, lignocellulolytic enzymes, Cazymes, Heterologous production, RNA Seq, PCR.

Background to the project

Botryosphaerium dietback is an emerging disease of grapevine wood. It is at least partly due to the presence of fungi of the Botryosphaeriaceae family, in particular Neofusicoccum parvum.

Two laboratories (FARE and RIBP) of the University of Reims have joined forces to study two families of effectors (i.e. metabolites or proteins involved in pathogenicity): polyketides and Cazymes (Carbohydrate Active enZymes - CAZymes, oxidoreductases, laccases) of N. parvum. The objective is twofold: to better understand the disease but also to exploit these effectors, particularly the Cazymes, which could be characterised for the conversion of lignocelluloses, for example, with a view to the biorefining of plant biomass.

The proposed M2’si nternship focuses on the latter approach.

Transcriptomic (7 days post-inoculation; dpi) and enzymatic (0-40 dpi) analyses conducted as part of Julian Restrepo Leal's OPENZYM thesis (Restrepo et al. in prep) showed that :

            - Among the CAZymes, the genes encoding laccases appeared to be highly expressed when N. parvum is brought into contact with liquid-cultured plant biomass

            - This increase in expression could take place late, at 7 dpi but also at 28 dpi.

Objectives and progress of the thesis project

The main objectives of the Master course project, based on the results of the OPENZYM thesis, are the following ones:

            - To confirm, by qPCR approach, the results obtained by RNASeq by focusing on the multigenic laccase family.

            - To produce in a heterologous system (S. cerevisiae/P. pastoris), a set of previously selected Cazymes/laccases and then to evaluate their biomass degradation potential in-vitro (Van Soest Aasays)

            - To carry out a new RNASeq analysis at 28 dpi/40 dpi on liquid cultures of N. parvum

Candidates profile :

  • - M1 in Microbiology or Biochemistry
  • - Experience in fungal culture appreciated.
  • - Experience in metabolomic and transcriptomic data analysis appreciated.
  • - The ability to implement multidisciplinary approaches is essential in this project due to the complementary nature of the approaches implemented by the two laboratories.
  • - Writing skills and scientific monitoring skills.
  • - Good interpersonal skills, teamwork and autonomy.