Directeur de Recherche   INRA, Centre de Nancy, Biogéochimie des Ecosystèmes Forestiers Route d'Amance, 54280 Champenoux, France   0033 (0)3 83 39 40 81 0033 (0)3 83 39 40 69 stephane.uroz@inrae.fr

Formation :

• 2014--, Directeur de Recherche (DR2) INRA Nancy
• 2014: HDR en Ecologie Microbienne de l'Université de Lorraine
• 2005-2009, Chargeé de recherche (CR2) INRA Nancy
• 2001-2004, Thèse de doctorat en Ecologie Microbienne de l'Université Paris XI
• 2000-2001, DEA d'Ecologie Microbienne de l'Université Lyon I

Activités de recherche

La disponibilité des nutriments est un paramètre fondamental des cycles biogéochimiques qui régit la fertilité d'un sol et le fonctionnement d'un écosystème. Parmi les écosystèmes terrestres, les forêts développées sur sols acides de nos régions tempérées sont parmi les é;cosystèmes les moins amendé;s par l'Homme, en comparaison des sols agricoles, et qui de plus subissent une exploitation grandissante de la ressource bois. En dehors des apports liés aux dépôts atmosphériques et au recyclage des éléments nutritifs contenus dans les racines mortes et les feuilles, les minéraux du sol sont la source majeure de nutriments inorganiques disponible pour le fonctionnement de l'écosystème, particulièrement dans les horizons organo-minéral et minéral du sol.La libération des nutriments à partir de ces minéraux devient dès lors un facteur déterminant pour le bon fonctionnement de l'écosystème.
L'enjeu actuel, qui est un front de science, est de déterminer : i) les acteurs et leurs interactions, ii) leur contribution au processus d'altération minéral et à la fertilité des sols, iii) d'identifier les mécanismes moléculaires impliqués dans le processus d'altération des minéraux
Dans ce contexte, mon projet de recherche est structuré en 4 axes complémentaires.
Axe 1: Caractérisation de la  distribution taxonomique et fonctionnelle des communautés bactériennes capables d'altérer les minéraux en sol forestier.La fonction altération n'étant pas encore élucidée au niveau génétique, cet axe est principalement basé sur une approche cultivable. Pour répondre à ce questionnementdifférent sites expérimentaux présentant des particularités intéressantes sont considérés.
Axe 2: Caractérisation de la  distribution taxonomique et fonctionnelle des communautés bactériennes par approche métagénomique.Cet axe est pleinement complémentaire de l'axe 1 et souvent associé. Cet axe est basé sur des approches basées i) d'une part sur le séquencage à haut débitque ce soit sur amplicon ou sur ADN total et ii) d'autre part sur la construction et le criblage de banques de fosmides. Ces travaux sont réalisés dans différentesniches écologiques pertinentes de l'écosystème forestier. Je m'intéresse notamment à deux compartiments: i) la racine mycorhizée ou non et ii) les minéraux du sol.
Axe 3: Démonstration du potentiel effet promoteur de croissance de souches bactériennes capables d'altérer les minérauxLes démarches développées dans les axes 1 et 2 m'ont conduit à identifier des souches bactériennes particulièrement efficaces pour solubiliser les minéraux.Ces souches sont testées en microcosmes et en conditions contrôlé;lées et en présence de minéral comme support, afin de vérifier leur effet promoteur sur la croissance et la nutrition des arbres.Cette approche en microcosme implique une combinaison de microbiologie et d'analyse géochimique sur les éléments en solution ou accumulés dans la biomasse végétale.
Axe 4: Génétique et génomique des bactéries altérantesLes souches bactériennes les plus intéressantes ont vu leur génome séquencé. Les gènes conférant la capacité à altérer les minéraux n'étant pas connu à ce jour, des approches de mutagénèse aléatoire (associée à un criblage via des biotests) et de transcriptomique sont utilisées.Je m'intéresse par ailleurs à d'autres fonctions telles que : i) la dégradation de la chitine, ii) la communication type quorum sensing et iii) la décomposition de composés organiques (phytates, acides aminés,...)
Mes activités sont organisées à l'interface entre l'Unité BEF et l'Unité  IAM (Interaction arbres microorganismes, UMR1136 INRA/UL)

Principales collaborations

• local: M-P. Turpault (projet altération) / Ecogenomic team (Ecologie du microbiome des sols forestiers)
• national: P. Oger (génomique de l'altération) / S. Rossano (Altération et verre) / PE Courty et C Plassart (Décomposition du phytate)
• international: JH Leveau (UC Davis) (Collimonas)

Projets de recherche

• Actuellement mes activités de recherche sont soutenues par un projet financé par le Labex ARBRE 'GeMM' / Collaboration LGE : S. Rossano
• Mes recherches ont été soutenues les années passées par:Multidisciplinary project granted by The Labex ARBRE (2014-2017) INABACT
• Young scientist ANR Grant (2012-2015) BACTOWEATHER
• INRA Metaprogramme Metagenomics (MeM) (2012-2013) METASCREEN
• EC2CO Interafaces continentales (2009-2011)
• ANR METASOIL (2009-2012)
• INRA Projet Innovant (2011-2012)
• Région Lorraine Projet Jeune Chercheur (2009-2011)
• France-Berkeley project (2009-2010)
• BRG Project (2007-2009)

Activités d’enseignement et encadrement de thèse

Je suis impliqué dans différentes unités d'enseignement de l'Université de Lorraine, ou j'interviens dans les Master 'Microbiologie' et 'FAGE'.

Supervision de thèses de doctorat :

Laura PICARD (2018-2021), "Ecologie et génomique des bactéries capables d'altérer les minéraux dans les sols forestiers"

Publications récentes:

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Plassart, P., Chemidlin Prévost-Bouré,N., Uroz, S., Dequiedt, S., Stone, D.,  Creamer, R., Griffiths, R., Bailey, M., Ranjard, L.,  Lemanceau, P. (2019) Soil parameters, land use, and geographical distance drive soil bacterial communities along a European transect. Scientific Report. In press.

Maharaj, NN, Miyao, EM, Davis, RM, Uroz, S., Leveau, JHJ* (2018) Impact of soil chemistry, nutrient supplements, and fungicides on the health and yield of field-grown processing tomatoes. European Journal of Plant Pathology, 1-14

Courty, PE, Buée, M., Tech, JJT, Brulé, D., Colin, Y., Leveau, JHJ, Uroz, S.* (2018) Impact of soil pedogenesis on the diversity and composition of fungal communities across the California soil chronosequence of Mendocino. Mycorrhiza. In press.

Colin Y, Nicolitch O, Van Nostrand JD, Zhou JZ, Turpault MP, Uroz, S.* (2017) Taxonomic and functional shifts in the beech rhizosphere microbiome across a natural soil toposequence. Sci Rep. 2017 Aug 29;7(1):9604. doi: 10.1038/s41598-017-07639-1.

Nicolitch, O, Colin, Y, Turpault, MP, Fauchery, L, Uroz, S.*.(2017) Tree roots select specific bacterial communities in the subsurface critical zone. Soil Biology and Biochemistry 115, 109-123

Uroz, S.*and Oger, P. Caballeronia mineralivorans sp. nov., isolated from oak-Scleroderma citrinum mycorrhizosphere. Systematic and Applied Microbiology. In press

Martin FM*, Uroz, S., Barker DG. Ancestral alliances: Plant mutualistic symbioses with fungi and bacteria. Science. 2017 May 26;356(6340). pii: eaad4501. doi: 10.1126/science.aad4501.

Torres, M., Uroz, S., Salto, R., Fauchery, L., Quesada, E., Llamas Company, I.* HqiA, a novel quorum-quenching enzyme which expands the AHL lactonase family. Scientific Reports. In press

Crampon,M.,  Cebron, A.,  koltalo, F., Uroz, S., Lederf, F., Bodilis, J.* Low effect of phenanthrene bioaccessibility on its biodegradation in diffusely contaminated soil. Environmental Pollution. In press